海外に１年間ずっと住んでいて、日本の上場企業の株式を売った場合、税金はどこで取られるのですか？

海外に１年間ずっと住んでいて、日本の上場企業の株式を売った場合、利益分の税金はどこで取られるのですか？

日本で払うんでしょうか？それとも海外で主にすんでいる国で払うんでしょうか？

bonbonさんがどの国で「税法上の居住者」になっているのかによると思います。

下の国税庁のホームページからの情報を参考になさって下さい。
「居住者と非居住者の区分」

貴方が税金を支払う為に登録している国でしょう。
日本に置いてあれば　当然日本でしょうね。

私の住んでいる米国の例で先ずはお答えいたします。

まず一年間仕事をしながら米国に住んでいると通常米国で納税義務が生じます（学生のように仕事をしていなければこの限りではありません）。最近では、日本は米国と租税協定を結んでおり、日米で二重に課税されないようにされています。また、米国では日本での所得（日本での預金口座のわずかな利子収入も含め）も米国での所得とともに一括して米国の税務署に報告することになっています。日本での株式売買利益も例外ではありません。

こういう場合、日本の税務署には在米者であることを届け、日本での課税がないようにしてもらい、株式売買利益については全て米国で税金を払うようにします。何かの理由でこの株式売買利益に対する税金を日本で納めてしまった場合はその納税額を米国の納税申告書で日本の納税証明書とともに提出すればその分税金が減額されます（米国で税金を全て払い、後で日本で払ってしまった税金を税務署から戻してもらうこともできます）。

最近では、日本は海外の多くの主要国と同様の租税協定を結んでいると思います。従って、こういう国では基本的に米国の場合と同様と思います。すなわち、日本での株式売買利益に対する税金は本人が一年間住んでいる国で収めることになります。