ID for Weblifeというマイクロフラッシュで作るHP作成ソフトで作っているんですが

私のところのHPはID for Weblifeというマイクロフラッシュで作るHP作成ソフトで作っているのですが、これで作った場合HTMLで作ったHPと比べてどういったデメリットがありますか？SEOをする時にHTMLをヘッダーとフッダー以外でいじれないのでやはりSEOはあまり大した事ができないのですか？

宜しくお願いします。

そんなことはありません。
そのソフトでタグ打ちが出来るかどうかまではわかりませんが、出来ないとしても、メモ帳などテキストエディタで作成したHTMLを開き、追加修正はいくらでも出来ます。

修正したら上書き保存（拡張子が.htm or .htmlなのを確認)し、ID for Weblife添付のFTPでアップロードすればいいのです。