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ブログの登録記事下にある｜Permalink │Comments(0) │TrackBack(0) │clip! の【Permalink】と【clip!】を削除したところ

ブログの登録記事下にある
｜Permalink │Comments(0) │TrackBack(0) │clip!
の【Permalink】と【clip!】を削除したところ検索されたページ（この部分が個別ページになるのでしょうか？）の記事のタイトルと
│Comments(0) │TrackBack(0) │情報│（私はこの3つだけ）の部分が消えてしまいます。
これって【Permalink】と【clip!】を削除した為なのでしょうか？

ちょっと難しいかもしれませんが、結論からいうと、【Permalink】と【clip!】を削除したことによるものか、という答えは、

【Permalink】を消したことによる影響はある

ということが言えます。コメントやトラックバックは設定によって追加と削除ができるので説明は省きますが、【clip!】の部分に関しては、その表示している部分を単独で追加、削除ができますので、こちらを消したことによる問題ではないと断言できます。

さて、【Permalink】を削除した場合ですが、コジーさんのコメントにあるようにその記事そのものの存在がたどれない、つまり[ない]ものとして処理されてしまう可能性があります。ですから、それに伴って質問にある部分が消えている、ということになるわけです。

ですから、ここのあたりの項目を編集する場合には【Permalink】は絶対に残しておくべきであろうと思われます。

テンプレート部分に以下のように記述すると

<div class="posted">
<$ArticleAuthor$> at <$ArticleTime$>│
<IfArticleAllowComment><a href="<$ArticlePermalink$>#comments">Comments(<$ArticleCommentCount$>)</a></IfArticleAllowComment>
<IfArticleAllowPing>│<a href="<$ArticlePermalink$>#trackback">TrackBack(<$ArticlePingCount$>)</a></IfArticleAllowPing>
<IfArticleCategory1>│<a href="<$ArticleCategory1Url$>"><$ArticleCategory1$></a></IfArticleCategory1>
<IfArticleCategory2>│<a href="<$ArticleCategory2Url$>"><$ArticleCategory2$></a></IfArticleCategory2>
</div>

ブログ記事を投稿した際に、<div class="posted">～</div>で囲まれた箇所に

ブログの投稿者のID名 at 投稿時間│Comments(0)│TrackBack(0)│カテゴリ名

と出力されるはずです。
削除する時に、誤って削除してはならないところを削除していませんか。
Permalinkを削除した場合には、「<$ArticleTitle ESCAPE$>」の直前に「<a href="<$ArticlePermalink$>">」を、直後に「</a>」を加えることをおすすめします。
ソースをみていないので詳しい原因は判りませんが、ブログをカスタマイズする際には、十分注意が必要です。
より適切な回答をするためには、ソースが判らないと難しいです。

なお、ブログを大幅にカスタマイズする場合には、HTMLとCSSを勉強すると共に、以下のサイトを熟読することをおすすめします。
http://wiki.livedoor.jp/everydaydesign/d/FrontPage