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どうやって電車のうんちんってきまてるのでしょうか？

レールの長さで決まるようです。

だから、バイパス路線ができると安くなります。

首都圏や関西などでは、競合路線を考慮して、
安価な特別運賃を設定しています。

工事費＋電気代＋人件費＋固定資産税＋原価償却費＋継続経費＋他諸々の経費＝何人で負担するか＝利用者が何人か。

　国内では昔から国鉄（今のＪＲ）が各地に広く鉄道を走らせてきました。国鉄の場合、運賃は国有鉄道運賃法で距離に基づいて運賃を決める体系になっていました（ちょっと古いですが一例として添付サイトを参照）。

国内の私鉄では国鉄の運賃を参考にしながら運賃を決めてきたものと思います（それぞれの路線の予測客数や運転経費、鉄道設備などを考慮して少しずつ按配しています）。

http://www.shugiin.go.jp/itdb_housei.nsf/html/hour...

ということで、基本的には距離に基づく旧国鉄の運賃体系が今でも基本になっていて、ＪＲでも私鉄でもその見直しでほぼ同じレベルの新しい運賃が検討され、決められてきていると理解しています。

ＪＲ６社の場合、乗車券の金額の決め方は、距離に応じて決められます。

キロ数を求める際には、１２．１キロなどの小数点以下の端数が出てきますが、全て１キロ切り上げてください。つまり、この場合は１３キロになります。

参考　　http://homepage3.nifty.com/travelstarmottakun/josy...

基本的には、国に申請して工事しますよね、、、国の方針もあり、、、会社の経営の分岐点も計算されますね、他社の運賃も参考にバスもね、飛行機の値段もありますよね、、、http://www.melma.com/backnumber_61653_805197/
読んでみてくださいね。