小型車のミゼット2に2人乗りのものもあるようですが、カーゴのタイプで仮に後ろにもう一人乗せると道交法違反になるんでしょうか?

つまり車両の定員を調べてみて3人になってたらいいってことですね。2人ならだめと

その通りと思います。
ちなみに小学生以下は3人で大人2人と数えます。
私が昔取得した200ccバイクは構造上一人乗りでしたが車検証は2人乗りでした。おそらく排気量だけ見て勘違いして登録したのだと思われます。

荷物等を運送する際にそれを押さえておくひとは荷台に載っていていいことになってます。その人数は特に規定されていません。荷物を押さえていたという言い訳があれば、何人でも乗れるだけいけるのはないでしょうか。