２カラムを使用した時は「Ａ］プラグインのみが掲載されるとなっているが、逆に｛Ｂ］プラグインのみが掲載される。どうして？

2カラム（2列）のデザインの場合、「A」のプラグインのみが有効、または「A」→「B」の順番で表示となります

だそうです。

Aプラグインを設定しているのに表示されていないということでしょうか?
原因としてありえそうなのは
1 「ブログに設定を反映（再構築）」→「サイドバー（プラグイン）」→「ブログを再構築する」の一連の作業を忘れている
2 ブログのタイトル、ブログのカテゴリ、ブログの説明、あるいはフリーエリア・プラグインに埋め込んだXHTMLやJavaScriptなどに誤りがあり、ブラウザがその前後の表示をうまく行えていない
3 プラグインのサーバがトラブっている(私の数少ない経験では、広告が404 NOT FOUNDだったことがあります)。

あとは、ブラウザのリロードくらいでしょうか。