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回答１補足：　通信回線をずっと遅いダイアルアップ接続にすれば、データ転送速度が遅いためフォアグラウンドのファイル転送でもＣＰＵ時間が空くようになり、バックグラウンド側にもＣＰＵ割り当てが行く余裕ができます。従って、ダイアルアップ接続の場合には、バックグラウンドもフォアグラウンドとかなり似た速度でファイル転送が同時進行する状況になります。但し、ファイル転送でのデータ転送速度は格段に落ちるので、全体的に時間がかかることは言うまでもありません。

例えば、ffftpとSmartFTPをそれぞれ別のホストに接続して、同時に転送すると、それぞれ適当に帯域が割り振られて問題なく転送できるはずですし、うちではできています。もう少し状況を詳しく書かないといい回答は期待できないかもしれません。

もし、接続先が２つとも同じであれば、相手側の制限によりできないことがあります。レンタルサーバなどは1アカウントに対し同時に1コネクションしか許可していないところがあります。

あと、ルータ上やOSのファイアウォール相当の機能で、特定のポート宛の接続を制限することは可能です。

>>1
試してみればわかると思いますが、そんなに今のOSはバカではないですよ。Winもサーバになる時代なのですから。

自分のパソコンでなくサーバー上ならば、マルチプログラミングで二つのファイル転送タスクを平等に扱ってラウンドロビンでＩ/Ｏ毎にＣＰＵを次のタスクに割り当てたり、タイムスライス長を加減したりしてご要望のことができるのではないでしょうか（一部推測）。２ＣＰＵシステムなら勿論可能と思います。

>>#3
うちは普通のクライアント向けWin2KProです。普通のOSで通常できます。usaさんの話は20年くらい前の議論ですよｗ

>>4 もしそうでしたら質問者の方のシステムでどのようにしたらうまくいくのかご助言を！（実は、ＯＳスペックを調べ始めましたが、途中で放棄しましたので、一部推測としました。ＯＳとしては進んでいるのは確認できましたが、ファイル転送の起動との関連も含めて見ると・・・）。あくまでもシングルホストの話です。

>>#5
いえ、だから、情報が不足しているので、詳細を書くように#2で勧めたのですよ。何となく、１つの無料サーバに複数コネクションを張ろうとしているような気がしたので、相手側で制限されていることがあるというのも、#2に書きました。別のサーバに対してなら絶対できます。もし、usaさん自身実感されるなら、ftp可能なレンタルサーバのアカウントを2箇所でとって、試してみるとよいでしょう。

コメントありがとうございます。
詳しい説明ですが、一応二種類のソフトを使っています。一つはFTPプロトコル、もう一つはBitTorrent（P2Pもどき）です。両方とも原版を使いたくないのでクライアントです。コネクションですが、FTPの方は、自分のFTPサーバー、もう片方は知らないサーバーにアクセスしています。
一応CPUはHTテクノロジを使用していますが、CPUの設定問題なんですか？運悪く両方のクライアントがダメだとは考えにくいです。補足ですがFTPソフトの代わりにエクスプローラーを使うと問題はありませんでした（Windows組み込みだとどうも良いようで…）。

>>#7
差し当たってftpクライアントを変えてみるのはどうでしょうか？

自分のサーバなら、ftpサーバのポートを変えてみるとか、ftpでなくてscpにするとかというのもアリだとは思います。

BitTorrentは、通信先の状況も大きく影響するから
そっちのクライアントのモニターと、OS側の負荷モニターとか突き合わせて
観察してみないと、勘違いの可能性もあるかも。

通信先PCが降りちゃうと
その代替検索で待たされたりもするみたいだし。