プラグインが１番下までいってしまいます。

今３カラムを使用しているのですが、今まで普通に利用できていて、直ったり、戻ったりの繰り返しです…。
ライブドアさん側のもんだいでしょうか？

写真を載せてますか？
私もそうなったときがあって
その場合、写真が大きかったのが原因みたいでした。
あとタイトルが長すぎたり、
トラックバックしてくださったかたの
タイトルが長すぎたり、
そんな理由だったと思います。

ご質問の内容から、投稿記事に問題があると考えられます。
どの記事（日記）を、投稿した後にその状態になったのでしょう？
その時に投稿した記事とその前後の記事を調べます。

また、投稿したら直った場合は、その時にトップページの表示から消えた記事（日記）、つまり、直った時の一番下の記事の前に投稿した記事（日記）が怪しいです。

画像を使っていたら、次のことを確認してください。

・記事の欄の幅よりも大きな画像を使っている。
・画像を並べて使っている。
・文章の後に改行を挟まず、画像を続けている。

該当した場合は、
改行を適切に入れるなどして、画像、及び画像と文章が、必要以上に横に並ぶの防いでください。
HTMLタグの扱いをご存知なら、（「HTMLを確認」にチェックを入れて）該当の改行のところを <br clear="all"> に変えると、並ぶことを防げます。
（「HTMLを確認」にチェックを入れた場合は、HTMLタグを変更したらチェックを外してから確認してください。チェックが入ったままで他の作業をするとうまく行かないことがあります。）

もし、HTMLタグを使っている場合は、タグの閉じ忘れがないか確認してください。
（HTMLタグを使っているつもりでなくとも、< > を使っている場合は、HTMLタグと扱われる場合があります。）
width指定の幅が大きくなっていないか確認してください。

よく分からない場合は、この質問のコメントにでもブログのURLを書いて下さい。
直接見てもらったほうが原因が特定されやすいです。