デザインを変更し、2カラムから3カラムに変更いたしました。そうしましたら、PCによっては、真ん中の欄が下の方まで出ずにデザインの変更が上手くいきませんでした。

記事の中に、何か幅を取るものを入れているのだと思います。

350px以上の画像や動画を入れていないでしょうか？
画像を並べて使っていた場合の合計や、HTMLタグを使っていた場合のwidthの指定が、350px以上になっていないでしょうか？

一般に、2カラムのデザインでは、投稿記事の表示されるところの幅が500px以上ありますが、3カラムの場合、350px以下しかありません。

そのため、2カラムの時は収まっていたものが、3カラムでははみ出してしまいます。

Windows IE以外のブラウザで見た場合、その画像なりがはみ出るだけで、全体のレイアウトが崩れることはありませんが、Windows IEでは、そのはみ出たものに合わせて本文欄を勝手に押し広げてしまいます。
しかし、ブログ全体の幅には制限があるため、全てのカラムが収まらなくなり、最後に表示されるカラムが下に落ちてしまいます。

解決策は、その大きなものを使うのを止めるか、小さくして使うか、2カラムのデザインに設定し直すということが考えられます。

最近流行のYouTubeを使っている場合は、次の回答を参考に、サイズを調節して下さい。


これで解決しない場合は、ブログのURLを書いてもらえれば、実際に見て原因を探ります。