受信箱を空にしても５４という数字が残ったままです。なぜですか?

受信箱のデータをすべて、削除またはほかのフォルダーに移しても、54という数字が表示されるので、受信箱を見に行くと、『このフォルダにはメールがありません。』と出ますデータがどこかに隠れているのでしょうか？

livedoor Mailのことでしたら、そういう場合は、再集計をしてみて下さい。

右上の「オプション設定」をクリックして、色々なオプションが表示されたら、右下の「メールデータの再集計」をクリックして下さい。

メールデータの再集計［ ］再集計を行う［OK］

にチェックを入れて、［OK］をクリックして再集計をしてみて下さい。

ただいまメールの再集計を行っています。しばらくお待ちください。

と出て、メールの量にも因りますが、しばらくかかりますが、解決するはずです。