FC２のカウンターでユニークアクセス数を把握していますが、ライブドアブログプロ版のアクセス解析や、その他のアクセス解析では、アクセス数が一致しません。

FC2が１００で、ライブドアが５０、別のアクセス解析が１０とか違いすぎるのです。こういうことはよくあることなのでしょうか。信頼できるアクセス解析はどこなのでしょうか？
すべてユニーク訪問者をカウントしています。

考えられる原因はいくつもあります。

モバイルからのアクセスをカウントしてるかどうかの違い、

ユニークユーザー判定方法の違い、
(IPアドレス使う方法、クッキー使う方法など)

同時に複数設置した場合、動作が不安定になるアクセス解析もあります。つまり他のアクセス解析スクリプトの影響でとりこぼしが出てしまうこともあるということ。(アクセス解析以外のブログパーツが原因になることも)

アクセス解析提供元のサーバが弱くてしょっちゅうエラー起こしてるととりこぼしが出ることもある。


最後のはともかくとして、そもそもユニークユーザー数の正確な判定は困難です。
IPアドレス使う方法だと、同じ人がPCと携帯から閲覧したら2人という判定になる。会社などから閲覧した場合は複数PCで閲覧してても同じIPアドレスで1人と判定される。
クッキー使う方式でもPCと携帯から見た場合、ブラウザ変更した場合などは1人でも複数人に計測される。
javascriptを使用しているアクセス解析はjavascript設定を切っているブラウザからの閲覧は計測できない。

正確なユニークユーザー数を計測できるアクセス解析は無い。と言っていいかと思います。(ID認証のあるページはシステム側での計測は可能な場合はある)

ただネットであちこち評判を見るとアメブロ、readme、のアクセスカウンターは取りこぼしがかなり多いというのは一致していました。
FC2はたいていの場合は計測結果多いみたいです。とりこぼしがないせいなのかはわかりませんが。
ライブドアのは始まったばかりなのでよくわかりません。

判定方法の違いで、取りこぼしや多重カウントがあるのではないかと思います。

各社がどういった判定方法を行っているのかは分かりませんが、
100％正確に判定できる手法はないと思いますから、
あくまで「目安」として考えられてはと思います。