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カテゴリ別アーカイブで，あいうえお順に記録しようと考えています。現在のところ，縦に１列の表示なのですが，

上段より「あ い う え お」「か き く け こ」･･･と続き，最後の段を「わ 　を　 ん」という具合に整理したいのです。
アドバイスをお願いします！

私なりのアドバイスをさせて頂きます。

残念ながら、プラグインのカテゴリ表示の形式をユーザー側でカスタマイズするのは難しいと思います。
少なくとも、私には分かりません(^^ゞ
（詳しい方からカスタマイズ方法の回答があれば良いのですが…）

しかし、フリーエリアを使い、自分でリンクタグを記述し、任意の表示をさせるのであれば可能です。
カテゴリのページのURLはそれぞれ独立していますから、それぞれのページを確認しつつ、フリーエリアにリンクのタグを記述していってみて下さい。
そして無事記述し終わったら設定を保存し、再構築して下さいね。
おそらくかなり面倒ではありますが、宜しければお試し下さい。

以前映画のレビューのブログで、そのようにされているものを見たことがあります。
ただし、カテゴリの中に含まれる記事数を自動的には取得できませんので、ご自分で数えて書かれるか、全く書かれないかはお好きにどうぞ。

この説明で分からないことがありましたら、コメント欄からお尋ね下さいませ。