２カラムからいったん３カラムにして、また２カラムに戻したら完全に戻りません(x_x;)

以前と比べるとプラグインの幅が狭くなったし、右側のスペースもひろくなりました。
トップページの一番下も途切れた感じです。
デザインはシンプルのデフォルト２００３です。

カウンターにマウスをあわせると、日にちの部分とかぶって見えなくなります。

全ての再構築をやってもなおりません。

URLをのせておくのでよろしくおねがいしやす☆

CSSの再構築のあと、トップページの再構築をやっても直りませんか？

すべての再構築を行えば正常な状態に戻ります。

position：absoluteを多用しているのが、原因だと思います。

#contentはabsoluteを削除し、
相対配置のままにして
（left:240px;top:15px;も削除する）
margin-left　： 220px ;とします。

#linkはposition：absoluteを利用して
#contentのマージンの部分に絶対配置させれば、
障害は取り除けると思います。

実際に同じデザインを使用してみましたが、ほとんど同じ状態なのでとくに問題はなさそうです

どうしても気になるなら、以下の点を修正してください

・サイドバーの横幅を広げる
デザインの変更→カスタマイズのスタイルシートで
#links{
position:absolute;
left:20px;
top:15px;
width:200px;　←ここの数値を大きくする
}

・右の幅が広く見える
ブログの説明部分にカウンターやバナーを並べているので横に広がり、右幅が目立っているのだとおもいます
説明文を<br>で改行してみてはいかがでしょうか？

・カウンターは日付に重なって見えなくなるのは仕方ないので、場所を変えるのが一番だとおもいます（サイドバーなど）