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FC2とshinobiにおけるアクセス解析の違い？

shinobiとFC2の設定の仕方について教えてください。

これまでshinobiのアクセス解析を使ってきたのですが、shinobiの場合はライブドアブログのカスタマイズで、「トップページ」「個別記事ページ」「カテゴリアーカイブ」「月間アーカイブ」のそれぞれに解析用タグを貼り付ければ、どのページを閲覧されてもアクセスデータがカウントされていました。
しかし、FC2の場合、ライブドア側に解析用タグを貼り付けた上に、FC2側にも解析ページを登録しなければならないようなのです。
「自動登録」を選択してもなにも反応がありませんので、「手動登録」で解析したいページを登録していくのですが、トップページを登録しますと、まさにトップページを閲覧した人のデータしかカウントされないのです。ワード検索などで来られた方はトップページに行かないケースがほとんどですので、これらの方は無視されてしまいます。
つまり、記事を書いたらそのすべてをいちいち手動登録していかなければデータが取れないという状況です。
とはいえ、まさかこんな使い物にならない解析をFC2が提供しているとも思えません。
きっと正しいやり方があるのではないかと思うのですが、どうしてもそれがわかりません。

みなさんはどのように運用されていますか？

FC2解析はそのような仕様だったと思います。

シンプルで使い易いのが良いと思いますが、FC2がブログサービスを始めるよりも遥か以前に作られたもので、ブログをはじめとする多ページに亘るウェブサイトの解析には向かないですね。

NINJA TOOLSも悪くはないですが、NIPOさんのおすすめするGoogle Analyticsと比べるとかなり遜色があると思います。
http://www.google.co.jp/analytics/ja-JP/