フローリングの床が色あせて、写真のように表面が部分的にはがれてしまいました。

クレヨンのようなものを塗ってみましたが、補修したことがはっきりわかってしまいます。
何かよい方法はありませんか。

もう少し早くニスを塗れば、こうはならなかったのですが・・。

今からでも塗れば、荒れの進行は防げると思います。

このフローリングは無垢材ではないので、ニス等の塗料を上からぬってもその場しのぎになってしまいます。
窓際のようなので多分、雨などで塗れたままで放っておかれたのでしょうね。できるだけ濡らさないように気をつけて下さいね。
ひどくなったら剥がれてきますよ。
対処方法としては、部分的にフローリングを張り替える事をおすすめします。
それが無理なら、ワックスを塗って保湿してやって下さい。（少しはささくれがマシになります）