日本航空学園の航空大学校の操縦科を卒業すれば、JAL等の民間企業に就職できますか？

　同校は、全国で唯一、国産大型旅客機（YS-11型機）による航空整備士養成などをを行っています。また、ご指摘のように、操縦科もあります。とは言え、航空会社などが多く使っているボーイング大型機などの整備や操縦を教えている訳ではありません。

操縦科の卒業生の中には、こういった大型機を持つエアラインパイロットを目指す人もいます。ということは、卒業しさえすればJALなどの民間企業に就職できるという訳にはいきませんが、卒業後の就職活動で就職の道が開けてくるということです。うまく就職できれば、その後、社内での継続的トレーニングが待っています。

詳しくは、次のサイトをご覧下さい。

可能性が開けるということですね。

就職できるか出来ないかは、あくまでも、本人の成績や面接結果、社会情勢に大きな影響を受けることになります。

パイロットを志望ですか？　単にJALに入るのなら航大に行かなくても、早慶など、就職のよい大学を卒業された方が可能性は高いです。もちろん営業などの文型のお仕事もあります。
パイロットになりたいのか、JALには入れればそれでいいのか。どちらによるかとおもいます。