姪と私が共通の遺伝子を持つ確率は２５％？

生物学は高校で習った以上の知識はありませんが、正月に姪が来て姉との顔つきの比較で興味を持ちました。果たして私(男性)と姪は共通の遺伝子があるのでしょうか？

私の父の遺伝子 X1Y1
私の母の遺伝子　X2X3
私の遺伝子は　X2Y1 (50%) または X3Y1 (50%)
私の姉の遺伝子は　X1X2 (50%) または X1X3 (50%)
私の義兄の遺伝子は X4Y2
ゆえに　私の姪の遺伝子は X1X4 (50%) または X2X4 (25%) または X3X4 (25%)

以上の私の理解はこれであっていますか？ また、私と私の姪が共通の遺伝子を持つ確率は　0.25*0.5 + 0.25*0.5=0.25 つまり 25%　なのでしょうか？

わたしは高校の生物すら取っていません。が、質問者さんは遺伝子と性染色体（Ｘ，Ｙということはそういうことですよね）とを混乱している気がします。性染色体にかかわる遺伝子については（Ｘ，Ｙが答えとしてわかっているのでそれを使って）上記でいいのかもしれません。でもそれ以外については、質問者さんの遺伝子はＸ１Ｘ２，Ｘ１Ｘ３を含めた２５％、お姉さんも同様なのでは？　あとの計算はお任せしますし、ひょっとしたら答えは同じ２５％かもしれませんが、考え方としては違うと思います。

％でいうなら人の遺伝子はほぼ同じで
２５％というようなことはありません。

　姪の方との遺伝子レベルでの違いは％で言えば、ごくごくわずか、つまりはほとんどの遺伝子は（９９．９９％以上）共通です。

地球上の動物は、元来、共通の単細胞動物から進化してきたので現存する動物間も遺伝子は共通部分が多いからです。たとえば、メダカの遺伝子は約２万個ですが、６０％は人類と共通（類似のものを含めると８０％）、チンパンジーとは９８．８％が共通（違いは１．２％）とのことです。

人間同士の遺伝子レベルの差異については定かではないですが、仮にチンパンジーとの違いの１/１００とすれば共通部分は９９．９８８％（違いは０．００１２％）ということになります。増してや姪の方との遺伝子レベルの共通部分ということになればこれよりもはるかに大きいことになります。

とは言え、人は皆、遺伝子レベルでは違っているので遺伝子による人の同定が行われます（一卵性双生児でも遺伝子の違いがあるそうです）。