CGIを使う上で設定について困っております。

XPのIIS5.1+ActivePerlでCGIを動かせる環境を作り掲示板やカウンタ、メールフォームなどがローカル環境で動いております。
テストも終わったので2003serverを購入して似たような環境でやり始めたのですがどうしても思うように動いてくれません。
CGIのページを開くと404エラーが出てしまいます。
そこでDOSからperl -vを通してみるとしっかりインストールされているのは確認できます。
マッピングもしっかりやってあります。（もちろんXPで動かせたので基礎はOKだと思います）
簡単なCGI単体のテスト（一般的に言われるHelloWorldですが）をしてもダメです。
WEBサービス拡張でCGI使えるように許可してもダメですが「不明なCGI・・・・」を許可すると使えるようになりました。
CGIの許可の項目についてはActivePerlがインストール終わった時点で勝手に出来ておりました。（禁止になっている以外）
ただ「不明なCGI・・・・」に関してはエラーポップアップが出るのでなんらかのセキュリティ問題があると考えておりますが問題はないでしょうか？また、なぜ5.1で使えたのに急に6.0では使用できなくなってしまうのでしょうか？
IIS6.0と5.1にはかなり差があるのでしょうか？
ご存知の方よろしくお願いします。