記事設定画面での２つのカテゴリー

記事編集画面で、カテゴリーを２つ設定するボックスが出てきますが、コレは何の為ですか？　

私は一つのボックスにのみカテゴリー（２６個）を設定しています。支障がありますでしょうか？

どなたか詳しい方教えて下さい！

2つあるのは、カテゴリによる絞込み検索する時、あるカテゴリに表示させたいけど、もう一つのカテゴリで検索した時も表示させて欲しい時に設定します。

記事の整理をしていて、そういった場合が発生する方のための機能です。
はっきりこの記事はコレだけ！という区分分けが出来るのでしたら、特に2つ目を設定せず無視してもかまいません。

1つの記事を複数のカテゴリに属したいときに使います。1つのカテゴリで分類ができれば問題ないと思います。