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デスクトップに、「%SystemDrive%」というフォルダが出来てしまいました。

プログラムをアンインストールしていたら、
、「%SystemDrive%」というフォルダが出来てしまいました。
そのフォルダをみてみると、
%SystemDrive%\Documents and Settings\ユーザー名\Application Data\Microsoft・・・
となっていて、
削除するわけにもいかなく、
どうしようか困っています。
なので、このフォルダはどういうフォルダなのか、削除しても大丈夫なのか、教えてください。
お願いします。

そのファイルは、OSがWIN　XP　以下のシステムの時に、Cドライブにあるべきものです。

ちなみに　Vistの場合Documents and Settingsがユーザーになっています。

念のために、C：ドライブの中に、同じ名前のファイルがあるか確認してみてください。
Application Dataのフォルダーは隠しファイルになっている場合もありますので、この場合フォルダーオプションで表示設定で「隠しファイルを表示しない」を「すべて表示する」に切り替えてください。

おそらく、Application Data￥Microsoft・・・
は、メールのアドレス帳、受信情報、送信履歴、IEのお気に入りなどが含まれます。

C:ドライブの中に別にあるものなら、消しても良いかもしれませんが、システムで使っているファイル群だと、元には戻せなくなります。

まずは、同じファイルがC:ドライブに存在しているのか、ご確認ください。

ちなみに、アンインストールしたプログラムって、何を消したのでしょう？

それが、ディスクトップに作成されたフォルダであるなら、開いたときのアドレスの最後がそのフォルダ名になっているはずです。
なので、それは、おそらく、フォルダへのショートカットだと思います。
フォルダかショートカットかを調べるには、
右クリックからプロパティを見てみると、
ショートカットの場合は、ショートカットというタブがあるので判別できます。
ショートカットの場合、削除しても実際のフォルダが削除されるワケではないので、削除しても大丈夫です。