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movabletypeで、コア部分に対してアクセス制限（ベーシック認証）をかけたいけど、かけてしまうと検索機能にまでアクセス制限が出来てしまう。その対応策はありますか？

movabletypeでそのままインストールをすると、mtフォルダの中に管理画面などのcgiファイルが入っていると思います。
また同じ階層にmt-search.cgiがあり、検索機能はそこでまかなっている状態です。

今、セキュリティなどの問題も含め、管理画面などのcgiファイルを含むフォルダにベーシック認証をかけたいと思っています。

しかし、上記のように管理画面のcgiと検索のcgiが同じフォルダに入っているので、簡単にはベーシック認証がかけれない状態です。

管理画面系のcgiには認証をかけて…という方法をとりたいのですが、何かいい方法はないでしょうか？
ご教授くださいませ。