デフォルト2008（烏羽,3カラム）というデザインを使っています。
このテンプレートでサイズをいじろうと思ったのですが、すべて％表記だったので戸惑ってしまいました。

firefoxやIEのデフォルトで、

font-size: 100%;

はpx表示でいくらなのでしょうか？記事本文のフォントサイズをお願いします。
僕の見たところでは16pxに感じられました。
また、90%ではいくらになるんでしょうか？
12px、14pxを％表記に直すためによろしくお願いします。
分かりづらい質問ですいません。

%で指定しているのは見ている人のブラウザで設定しているフォントの標準サイズに対して、どのぐらいの大きさで表示したいかということです。

ちなみにブラウザのデフォルトのフォントサイズは多くのブラウザで16pxです。

あくまでもユーザーがブラウザのフォントサイズを16pxとしていた場合は下記のようになります。

62.5% → 10px
75% 　→ 12px
88% 　→ 14px

もし完全に固定のフォントサイズにしたいのであれば%による指定ではなくpxで指定してはいかがでしょうか。

font-size: 12px;