FTPサーバーの整理について

proでFTPサーバーを使用しています。アップロードしたファイルが　バラバラになっていますが　項目ごとに整理する方法を教えてください。
フォルダーは作れないような気がするんですが・・。　よろしくお願いいたします。

proとはlivedoorブログproのことでしょうか?

ディレクトリ作成はできますよ。
なお、userというディレクトリを作成し、その下に好きな名前でディレクトリを作ることがトラブルなく使える方法とのことです。
詳しくは開発日記を参照下さい。