仕事をもらっている会社が株式会社になり、税務署の監査が入るからと言われ、監査はこちらまで来るとのこと、どのようにこれからやっていったら良いのでしょうか？

仕事をもらっている会社が株式会社になり、税務署の監査が入るからと言われました。
外注扱いにされていて、今までちゃんと申告をしていなくて、社長から「監査が入ると全部出さなければいけないから」と言われ、今年の1月からはいろんな領収書をとっていますが、過去何年もさかのぼってのものはとっていなくて、それに今までほとんど無税になるぐらいの申告しかしていなかったので、これからどうしてよいのか途方に暮れています。
どうしたらよいのでしょうか？

今までちゃんと申告をしていない
過去何年もさかのぼってのものはとっていない
との事ですのでへたな細工するよりも新しいお仕事転職された方が良いと思います。
ハッキリ言いますがそれは脱税それをお手伝いした貴方も同罪。