まな板の黒ずみはバイ菌がたくさんいるって本当ですか？

キッチンハイターで洗えば黒くても安心なのでしょうか？

黒い俎板の上でお刺身を切るなど厳禁。
キッチンハイターはあくまでもキッチン器具用であり、俎板に使用するには手間がかかるので「日本薬局方消毒用アルコール」を使うと処理が早い。

あたしゃー、薬剤師と相談のうえでC2H5OH（エタノール）を噴霧して、直射日光にあててエタノールを揮発させてから使っています。
干柿作りや芋がら作りのときも、「あやしいな」と思ったらすぐスプレー噴霧して、黴退治をします。
そもそもエタノールは瞬時に雑菌を殺し、揮発も早いので注射の直前に使われます。薬局で500ml入りが630円程度（安売り店で買います）。噴霧するときのスプレーは、高くても耐薬品性表示のあるものを使いましょう。
焼酎でもいいのですが、なかなか乾きませんね。
エタノールは70－80度の焼酎と思ってください。
黒いのが気になるなら、カンナで削り落とせばよろしいが、今の時代にカンナを扱える人は大工さん意外にはいなくなりました。

エタノール＝エチルアルコール＝C2H5OH（刺激性はあるが毒性なし）
メタノール＝メチルアルコール＝CH3OH（溶剤として用い、毒性があります）

黒く色がついているのはカビが生えたあとですが、いま現在黒いからといって、いまカビが繁殖しているとは限らないです（カビをばい菌と置き換えて読んでもかまわないです）。
つまり、色が染まってしまったという可能性があります。
なので、タイトルにあるような「バイ菌がたくさんいるって本当ですか？」については、色だけではわかりません、ということになります（過去にいたことは確実でしょうが）。
漂白はキッチンハイターではなくふつうの洗濯用のハイターのほうがいい場合もあります。
なぜなら、キッチン用には少しの洗剤が入っているので、木のまな板の場合、それを吸い込んでしまうからです（実際には問題ないですが、気になる人は気になるでしょう）。
そうやって漂白すれば安心かどうかも、わかりません。
染みがなくたって、使ってない間にその表面には空中を漂っているさまざまな菌がついているはずですので、まあ、使用前後にできるだけきれいに洗うことでしょうかね。
とくにナマモノを扱う場合は途中途中にも頻繁に洗うと安心でしょう（こっちのサシミや野菜についていた菌が違うものにも移る、ということなどもあるからです。こういう調理中のことはまな板の染みなどみてもわかりません）。
他の手入れの方法は、ゾーロクさんのおっしゃるとおりアルコールを使うとか、熱湯をかけて殺菌するとか日干しするとかいろいろあります。
染みが気になるならカンナをかけるほか、サンドペーパーを使ってもいいし、もうイヤだと思うなら買い換えればいいでしょう。
とりあえず、まな板を洗うには流水＋タワシを勧めます。＾＾

黒ずみがあると、やっぱり気持ち悪いでしょう？　
だから、私ごとですが、キッチンハイターの原液を黒ずんでいる部分にふりかけます。しばらくすると、きれいにとれてしまいますよ。　臭いがきついのでマスクをつけるといいかも。
服にかからないようにも注意してやってみて。　綺麗になったら、貯め水して何時間か放置」しておき、あと台所洗剤で荒いすすいだら　okで～す。