月別の目次を作りたいのですが・・・。

月別に記事のタイトルを表示できないものかと、

を参考にして
下記のように記述しました。

<div class="sidetitlebody">
<div class="sidetitle"><$MonthLabel ESCAPE$></div ></div>
<div class="side">
<MonthlyArticlesLoop>
<div class="sidebody">
<a href="#<$ArticleId$>"><$ArticleTitle ESCAPE$></a><br>
</div>
</MonthlyArticlesLoop>
</div>
<div class="sidebottom"></div>

どこか間違っている箇所があるのでしょうか？

カテゴリは、上の方に表示されますが、月別はサイドバーの
一番下の方にタイトルが表示されてしまいます。



月別の目次を作りたいのでよろしくお願いします。

こんにちは。

テンプレートに挿入したリストはプラグインの上か下にしか入れられないと思います。
プラグインの部分（テンプレート上では独自タグで<$PluginList_A$>と<$PluginList_B$>）はHTMLタグが自動生成され、その間に入れる機能がないためです。
その辺を踏まえて、ある程度妥協できるレイアウトに変えてみてはいかがでしょうか。


あとは、内容の割りに大げさな気もしますが、
コードを少し変えてJavaScriptを後ろに付け加えるとプラグインの中にも挿入することができます。

例えば、

<div id="side-monthly-article">
<div class="sidetitlebody"><div class="sidetitle"><$MonthLabel ESCAPE$></div></div>
<div class="side">
<MonthlyArticlesLoop><div class="sidebody"><a href="#<$ArticleId$>"><$ArticleTitle ESCAPE$></a></div></MonthlyArticlesLoop>
</div>
<div class="sidebottom"></div>
</div>

<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
(function() {
  var elD = document.getElementsByTagName('div');
  for(var i = elD.length - 1; i >= 0; i--)
    if(elD[i].className == 'sidetitle')
      if(elD[i].innerHTML == "Friend'sブログ") {
        var elP = elD[i].parentNode;
        elP.parentNode.insertBefore(document.getElementById('side-monthly-article'), elP);
        break;
      }
})();
//]]>
</script>

フリーエリアにJavaScriptを設置する方法もありますが、そちらは割愛させていただきます。

「 カスタマイズ/管理」→「プラグインの設定」→タイトルの「順位」に番号を記入にしてみてください。
「0」は一番上「9」は下になります。