リーダー登録について

リーダー登録すると、相手にもそれがわかってしまうのですか？

「リーダー登録すると、相手にもそれがわかってしまう」という話は聞いたことがありません。

ライブドアのブログをライブドアのRSSリーダーに登録した場合を例に挙げますが、ブログの方ではその事実（誰かがRSSリーダーに登録した）がわかりません。RSSリーダーの方でも、登録者の数はわかりますが、個人を特定することはできません。（自分のブログをRSSリーダーに登録しても、登録者数がわかるだけです。）

他のサイトや他社のRSSリーダーでも、たぶん同じことだと思います。
特別な裏技があるかどうかは知りませんが、あったとしてもあまり使う意味はないですね。