FTPサーバーのフォルダーについてです

先ほどブログを有料版に登録し、早速FTPサーバーに新規ファイルを作成しPDFをアップしました。

その後、アップ作業中にエラーが発生し、デフォルトで設置されていたフォルダーやファイルがすべて削除されており、真っ白な状態になっています。

この状態で新規ファイルのみ作成して、アップしても問題はありませんか？
また初期状態に戻す方法があれば教えて頂けますか？

使用ソフトはFFFTPです。