１月５日に全額家のローンを払ったので、主人が出張で４月に帰ってから、

１月５日に全額家のローンを払ったので、主人が出張から帰ってきてから、抵当権抹消を司法書士に頼もうとおもってるんですが、現在事項一部証明書の有効期限が３ヵ月って書いてるんですが、１月５日から３ヵ月なのか、銀行に書類を送ってもらうように手配した日から３ヵ月なのかどっちでしょうか？

発行された証明書の日付から3ヶ月だと思います。

余計な事かも知れませんが、抵当権抹消の手続きは司法書士に頼まなくても自分で出来ますよ。
法務局へ行くと親切に教えてくれます、手数料1万円程度は浮くはずです。

又借り入れが返済されていれば、何時でも抹消出来ますし、そのままにして置いても一向に支障もありません。

ちなみに、私は自分でやりました。

「信長さん」のおっしゃるとおり、発行されてから三ヶ月です。
私などは金融公庫から借りて、完済しても五年ほどほって置きました。

それより、「はなちゃん」さん
小遣い稼ぎをしませんか？
司法書士に頼んだら、三十万ほどとられると思います。
ぜひ、ご自分で法務局に行ってみてください。
そこには、嘱託の相談員がいます。
手取り足取りして、教えてくれますよ。
時には、あなたに代わって銀行に電話までしてくれます。
聞いたとおりやったつもりでも、素人だから間違っている場合も有りますよね。
そんなときでも、相談員は不機嫌な態度はとりません。
実に親切です。
一度、関係のない司法書士に「住宅ローンを完済したので、抵当権を抹消したいのだが、大まかにいくらくらいかかりますか」と、わざと素人丸出しで聞いてみてください。
その金額をご主人に「こんなにかかるんだって」と伝えておく。
そうしておいて、あなたが法務局に行く。
多分二、三回は覚悟しておいてください。
費用は数千円から２万円の範囲で済みます。
これはやらない手は無い（笑）