有料プランでドメインを取得し複数のブログを作成した場合、仮に同一記事内容でも検索サイトでは、まったく別のサイトと認識されるのでしょうか？

有料プランでドメインを独自ドメインに設定した場合には、以前のURLと設定したURLの2つ存在することになります。

http://blog.livedoor.jp/○○/...
http://○○.com/...

このため以前に獲得していた被リンクもそのまま有効になりますが、ブログ自体が生成する内部リンク（Permalinkなど）は全て新しく設定した独自ドメインのものに統一されるために、検索エンジンの結果も次第に新しいドメインに統一されます。

複数のブログを取得し、それぞれに全く同じ内容の記事を作成した場合には、同じといっても検索エンジンから見るとURLが違うので別のものと判断します。

しかし、そういった複数のサイトに同じ内容の記事を作成することで検索結果の上位を独占しようとしたり、それらの複数のサイトを相互にリンクしあうことで検索結果の順位を操作しようとする行為は検索SPAMとして認識されています。

もし、これが同一ドメインの中に同じ内容のコンテンツが複数存在した場合は結果として表示するものをどちらか片方にするなどといったことが想定されますが、複数ドメインの場合は検索結果にどちらか一方だけを表示するというのは難しいのが現状です。なぜなら、記事を無断でコピーして同じコンテンツを掲載している人がいるからです。

どちらがオリジナルか明確に区別ができないので実際に検索エンジンとしてペナルティを与えるわけではありませんが、よりオリジナルがどちらなのか、周りから評価されているものがどちらなのかを総合的に判断して検索結果を表示しています。（例えば被リンクの多いものが優位になりますし、投稿時間なども判定の基準になります）

しかし、同じコンテンツを掲載していて、なおかつ相互にそれらをリンクしあうような悪意のあるコンテンツや、明らかに不正にコピーしてユーザーを悪意のあるサイトに誘導しようとするようなコンテンツ（フィッシングサイトのようなもの）はペナルティの対象となります。

＞　有料プランでドメインを取得し複数のブログを作成した場合

有料プランでドメインを複数取得し、それぞれのドメインで複数のブログを作成した場合

ですよね。別サイトと認識されますね。

今のところは・・・ですが。この先検索エンジンの収集の性能があがればどうなるかはわかりませんが。