年頃の妹の全裸を見てしまった時の一番の謝り方を教えてください。

まずもって、どのような状況だったかにもよると思うのですが・・・。
見られた妹さんがショックを受けていた場合、一言が余計にこじれを産むことも考えられます。お互い年頃ですと、色々と難しいでしょう。そういう場合、お母さんに相談することをお勧めします。裸を見たことは、かくれて覗いたわけでも、わざと見たのでもなければ全くあなたが咎められる事ではないわけです。まず,自分が偶然見てしまったことで、妹が驚いてるはずだから、お母さんからうまくなだめてやってほしい、それから、今後、家族といえども、年頃の女の子なのだから、自分でも自覚を持つように、言ってほしい。っとまぁ、こんな感じですか。
お年頃の女子は、些細なことが尾を引くことがあるので、あなたが自分の照れ隠しにでも、妹を傷つけてしまうようなことをいってしまうことだけは避けたいものです。
こんなに悩んでしまうくらいに大切な妹さんなのでしょうから。

　見られたときのショックは相当なものでしょうから、そう簡単には許さないかもしれません。今考えられる方法としては、何かを奢るかプレゼントするなどお詫びあたりだと思います。それでもダメなら、時の流れに身を任せて自然に機嫌がなおるのを待つしかありません。

おお、悪い。じゃまずいですか？

逆にあまり気にされすぎても相手の恥ずかしさが増しますよ。
こっちは別に変な気ないんだからそれでいいと思います。

お前も、いっちょ前に毛なんか生やしやがって。

くらいの冗談が言える間柄なら一番いいのですが。