トップページについて

プラグインを全て左側に寄せて、余ったスペースを書き込みに使いたいと思っています。
1. Checkers、Blog Readersなどのリンクが右側に残っているのですが、これを全部消すにはどうすればよいのでしょうか？
2. これらを消したあと、書き込みに使うにはどうすればよいのでしょうか？

自信はありませんが、お答え致します。

1.「カスタマイズ/管理」から「デザインの設定」→「カスタム」と進み、「トップページ」「個別ページ」「カテゴリーアーカイブ」「月別アーカイブ」それぞれのHTMLから<div id="links">を探します。
そして、<div id="links">より下記に書かれている、

<!-- adminpage -->
<div class="admin"><a href=" src=" ; width="117" height="20" alt="管理者ページ"></a></div>
<!-- checkers -->
<div class="checkers"><a href="<$AddCheckers$>"><img src=" ; width="117" height="23" alt="チェッカーズに登録"></a></div>
<!-- reader -->
<div class="reader"><a href="<$AddBlogReader$>"><img src=" ; width="117" height="20" alt="ブログリーダーに登録"></a></div>
<!-- powered -->
<div class="powered"><a href="<$LDBlogUrl$>"><img src="<$LDBlogLogo$>" width="117" height="28" alt="livedoor Blog"></a></div>
<!-- syndicate -->
<div class="syndicate"><a href="<$RSSUrl$>"><img src=" ; width="117" height="15" alt="Syndicate this site"></a></div>

このような記述を探し、削除。
そして「保存」→「再構築」をすれば、消えます。
もし、これらを3カラムの左側に移したいのであれば、<div id="links">内の<$PluginList_A$>のすぐ後にコピー＆ペーストしてください。
※ただ、私のブログはカスタマイズを行っておりますので、参考にならなかったら申し訳ありません・・・。

2.状況を把握しきれませんので「余ったスペース」の説明を具体的にしていただけたら助かります。

チェッカーズなどの削除と移動には成功されたんですね。
良かったです。

なるほど、3カラム→2カラムとしたいのですね。
トップページ以外も2カラムでよろしければ・・・

トップ・個別・カテゴリー別・月別HTMLからプラグインBにあたる箇所をそれぞれ削除して保存。
次にCSSで、記事タイトル、記事本文、投稿者名・投稿時間等、コメント欄などの幅を、右カラムの幅と同じだけ増やして保存した後、全ページ再構築で出来るかと思います。

ただ、テンプレートによって変更の仕方が違って来ますので、どのテンプレートをカスタマイズしたいのかを教えていただけますと、「どこをどう変更すれば良いか」をもう少し具体的にアドバイスができるかもしれません。