コメントに返事をしてる人がいますが、どうすればいいのでしょうか？

この質問の対象となるものが少し解りづらいです。

このナレッジにおいて？
それともご自身のブログにおいてという意味で理解して宜しいですか？

後者のほうで考えるとすれば ・・・

自分のブログ上ではなく、他の方のブログ上において、他人のひとつのコメントに対して反対の意見を含むコメントを展開する事はマナー違反になりますよね。

結果、場を荒らす可能性があるからです。コメントを書く人同士が知り合いの時や、運営者が反対のコメントを返す場合は問題ありません。

あきらかに悪質な荒らしをしに来ている人は別として、来られる方すべてが大事な訪問者なのであれば、運営者であるあなたが上手にそのコメントのやり取りの中に割って入って、言葉の誤解から生まれるブログ上に流れる嫌な雰囲気を中和させたり、話を逸らせたり ・・・

「 少し問題あり 」 と判断したコメントは即座に削除、もしくは一部訂正し、その下にあなたのコメントとして、『 申し訳ないですが、先ほどのコメントは都合により削除させていただきました。 』、『先ほどのコメントは都合により一部変更させていただきました。』 などの処置をとる事が良いのではないでしょうか？

運営者の責任としては、話題の中心となる正しい記事を投稿した後は、歓迎される訪問者すべてに気持ちよく、そのブログに来てコメントを書かれた事に満足してもらえるよう努めるアジャスター役に徹しなければなりません。

迷わず、あなたが善悪の判断をしっかりとつけ、スムーズな対処をなさる行動は、今後のあなたのブログの訪問者を増やす、大事なキーポイントとなります。

ご自分のブログでの出来事で、その返事をしている人が、あなたの名前を使って返事をしていると仮定してお答えします。

今ある該当コメントは、有無を言わさず削除しましょう。
その返事に対する他の訪問者のコメントがあった場合は、自分が書いたものではないという旨をコメントか記事で書かなければなりません。

こういうことを防ぐ方法は、
自分は、コメントの返事をコメントではしないと、宣言して実行する（記事の中で返事をする）か
コメントを下書き状態で受け付け、公開しても構わないコメントのみ、自分の返事のコメントともに、公開状態にする、という方法があります。

アダルトコメント、フカイコメントは
抹殺！

なんか質問の意味を回答したものすべてが、私も含めて受け間違えてるみたいなので、もうひとつ回答しておきますね。

普通の会話と同じように、その書き込んでくれたコメントに、誠意を持って書き返してあげてください。

初めての書き込みの方なら、『 初めまして。』、何度も来られている方なら、『 こんにちは (^^) 』『 こんばんわ 』『 いつもコメントありがとうございます 』 ・・・ などの挨拶を先に交わし、そのコメントに対しての返事を書き込めば良いと思いますよ。

初めての書き込みの方で、また来て欲しいと思うような人でしたら、『今後とも宜しくお願い致します。』 などの言葉も最後に添えておくと良いかもしれません。