livedoorblogで広告表示設定をしたいのですが、「カスタマイズ/管理 」画面に「BlogClickの掲載設定」というものがありません。

「アフィリエイト・広告の設定」はあるんですが、ビッダーズアフィリエイトしか設定する項目がありません。

有料版でないと広告を消すことはできないのですか？

お察しの通り
＞BlogClickの掲載設定
は有料版にしないと表示の有無の設定変更ができません．

以前は無料版でも有無が選べたのですが最近この設定が削除されました．

http://blog.livedoor.com/blogclick.html
2006年4月より、livedoor Blog PRO、またはlivedoor Blog BUSINESSをご利用になっている方のみ、広告（BlogClick）の掲載設定を変更することが可能となりました。