ブログのプラグインのフリーエリアにカウンター用のhtmlを入れてからか、日記が左端にのり、カレンダー・コメント等が全て消えました。
どうしたらいいのでしょうか？

ブログのプラグインのフリーエリアにカウンター用のhtmlを入れてからか、日記が左端に掲載され、カレンダー・プロフ・アーカイブ・コメント等が全て消えました。
どうしたらいいのでしょうか？右半分は真っ白です

カウンターの幅が広すぎるのではないでしょうか？
プロフィールなどのサイドバーは、基本的に消えないと思いますので、
ページの一番下に移動してはいないか確認してみてはどうでしょうか？
カウンターの幅が広すぎると、サイドバーが落ちてしまうことがあります。
その場合はカウンターを小さいモノに切り換えた方がよいと思います。
どのカウンターにするか迷っているのでしたら、
の『よろずカウンター』がおすすめです。（これは余計かもしれません）

書き込んだタグに不要な内容が含まれているのではないでしょうか？

書き込みたいタグは＜body＞タグの中身だけ書いて＜body＞タグを含むそれ以外は書き込んではいけません。