デザイン崩れの件について

基本のデザインは変えずに色（例：リンク等）変えただけですが、おかしなデザインになってしまいます。
なにか不具合等発生しいるのでしょうか？
（今までこういった事がありませんでしたので）

CSSを変更していた際の事と思ってお答えさせて頂きます。

CSSの変更の際、改行が入ってしまったり、全角スペースが入ってしまったり、

.content
{
(略)
}　←

こういう括弧が抜けたり、重複したりすると全体の表示が崩れることがあります。

基本のデザインを選びなおして、全ページ再構築されて、最初からやり直した方が良いかもしれません。
バックアップを取りながら、こまめに再構築し表示を確認して、表示が崩れたらバックアップに戻したりして、少しずつCSSを変更されてみて下さい。