ブログのデザイン設定で

3カラムデザインで設定した後、再構築すると“現在設定中のデザイン：custom”に戻ってしまいます。 どうすれば3カラムで続けられますか？よろしくお願いします。

ちょっと分り辛いのですが、

>“現在設定中のデザイン：Liquid Pearl（3カラム）”にしてからCSSとHTMLを書き換えて保存し、すべてを再構築すると反映された画面は3カラムになっていません。

というのは、Liquid Pearl（3カラム）デザインをカスタマイズしたということですね。
もしや、「CSSとHTMLを書き換えて保存し」というのは、今までのデザインに使っていた、CSSとHTMLを入れたということですか？
その範囲が分りませんが、丸ごと戻したということでしょうか？
もし、そういう手順であれば、元の状態に戻るのは当然ですよね。

仮に、全てを変えたのではなくとも、一部でも変える、あるいは、カスタマイズのところで「この内容で保存する」をクリックしただけでも、customという表示になるのは、当然だと思いますが。

この辺、もう少し、教えて頂けますか？

デザインが壊れるわけじゃなくて
操作が戻っちゃうんですか？

設定を保存してないとか。
保存しないで再構築すると最初に戻るかも。。。

2カラムデザインから、3カラムデザインにしたのですか？

そうでしたら、［デザイン（CSS）］の再構築だけでは、対応できません。
再構築は、［　全てのページ　］に合わせて行ってください。

そうではない場合は、［デザイン（CSS）］の再構築で対応できるはずです。