トップページの記事が正常に表示されません。

トップページの記事の表示件数を20件にしているのですが、全て表示されません。といいますか、下までスクロールされません。カテゴリーごとの表示も同様です。ブラグインをはずして何度も再構築しているのですが、直りません。原因が分からず困っています。どなたか分かりますでしょうか。

表示されないのは限界があるからではないでしょうか。
それはいいとしてあんまりトップページの記事の数を増やすと、見にくいし、重くなるのでやめたほうがいいですよ。
トップページはあまり多くせず、プラグインの最新記事のほうでそれを補完すればいいのではないでしょうか

このテンプレートのこの現象は以前にもありましたね。
一発回答は難しいかもしれませんが、問題と考えられるところをひとつづつつぶしていきましょうか。

まず考えられるのは左サイドカラムの末尾の空白欄。
上がアクセスアナライザー、下が FC2 のアクセス解析。

アクセス解析を２つ並べてっていうのもあまり意味がわかんないけど、これがケンカしてるんじゃないかな？ それか、それをいれているフリーエリアの改行設定を、『 改行しない 』 にチェック入れずに保存しているとか。必ず、" 改行しない " にチェック入れて下さい。

そこらへんを確認したあと、プラグインの再構築をかけてどうなるか見て下さい。だめなら、一度、その2つの解析を外してしまってプラグインの再構築をかけて下さい。

経過をしたのコメント欄にお願いします。

今、見てみましたが、
Mac OS X の、SafariとFirefoxでは、
20件目の「コラム　■課題２：学習方法に迷いがある＜part2＞」まで、
表示され、見ることができました。

まだ、何か手を打ったような跡がないので、そのままだと思いますが。
Windows IEで起こる問題なのでしょうか？