Thunderbirdを使っていてメールフォルダが壊れてしまったみたいなのです

メールの中身がおかしく、メールヘッダが途中にでてきたり、タイトルと中身がごちゃごちゃになってしまいました。

再インストールするしかないかもしれませんね。

Thunderbirdに関連するサイトをいくつか見てみましたが、原因などもわかりませんね。ナレッジベースにもないようですし。
情報提供ついでに問い合わせてみるのがいいかもしれません。