設立登記の申請について

こちらを見ると

＞申請日株式払込完了日（保管証明に記載の日）から2週間以内に申請しなければなりません
とありますが、新会社法では残高証明がこれの代わりになると聞きました。

この場合、残高証明の発行日より2週間以内ということになるのでしょうか？

保管証明＝残高証明、ということになるので、そういうことになるのでしょう。

会社の実体が成立した日＝銀行に株式発行の対価が存在する日、ということに法律的にはなりますので。

おそらく、法務局で受付の審査を行う際に、そういうチェックがなされるんだと思います。

ちなみに、株式会社の設立要件は登記ですので、登記ができないと会社は成立しない、ということになりますので、ご注意を。