mp3、AAC、wmaなどなど結局どれがいいのかしら？

色々、コーデックありますが、
結局音楽に適してるのはどれなんでしょうねえ。
圧縮率、音質とかからいうと。

個人的には、なんとなくmp3の160kbpsとか、
なんとなく使ってしまいますが。

圧縮率が低くても音質が高いのが良いなら，WMAなどにある可逆圧縮方式でしょうね。
mp3は，エンコーダやエンコーダのセッティングによって音質が全く変わるので，そこが第一のポイントになるでしょう。
AACは，比較的すっきりした音質にはなるものの，汎用性があまり高くない。
OggVorbisも音質や圧縮率は比較的優れているものの，汎用性が断然低く。
WMAは，最近の可変ビットレート版のものは音質がかなり改善されていますが，ライセンス・権利情報がくっついてくるのがデフォルト仕様なので，使い勝手は悪いようにも思います。

容量が少ない環境では，lameでmp3形式で，オプションを工夫してエンコードするのがおすすめですね。
ビットレートを上げれば音質が上がる傾向にはなりますが，気にならなければサンプリング周波数を下げれば，より効率よくなります。
圧縮効率からすれば，原則としてジョイントステレオで。VBRかABRの可逆ビットレートにしたほうが，同じ圧縮率でも音質が上がりますね。

個人的にはAACが好きですが汎用性が高くないので、人に送ったりする音声にはmp3を使っています。
mp3の場合はたにぐちさんがおっしゃっている通りLAMEがおすすめです。

普段使うならmp3でiPod用にはAACですね
どちらにしろ圧縮してるので落ちるわけですがプレイヤーによりけりだと思います。