デザインの変更をするとサンプル通りの配置になりません。

デザインの変更をすると、

By ○○（ID)　23:56　この記事のURL Comments(4) （カテゴリー名）

の表示位置が上のほうに大きな文字で出てしまいます。
デザインのサンプル画面では、本文の下に小さく並んで表示されてるのですが、自分のブログのデザインに設定するとブログのタイトルより大きな文字で出てきてしまいます。
どうやったら本文の下に表示できますか？

2カラムと3カラムとか、何かタイプの違うデザイン間で変更をされたのかも知れません。
その場合は、HTMLテンプレートも変わっているで、スタイルシートの再構築だけでは不完全です。
「全てのページ」に合わせて、再構築してください。

そんなことは、もうやっているよという場合は、
正しいデザインのデータが読込まれていない可能性があります。

から、それと同じデザインをもう一度、選択して、デザインの変更を行ってから、再構築してみてください。

それでもダメな場合は、投稿記事、プラグイン、プロフィール、ブログの説明等の中の記入内容が間違っている可能性があります。

ブログのURLを書いて頂ければ、見てみます。