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カスタマイズしたデザインを変更する場合

現在、「フェルト」のデザインを使用していますが、カウンターとアクセス解析の設置を行った際に「カスタマイズ」の扱いになってしまったようでページ構成が崩れるのがこわくてテンプレートの変更ができません。
カウンター等の設置はそのままの状態で新しいデザインテンプレートに変更したい場合、どの範囲でバックアップをとり、どのような手順で変更すればよろしいのでしょうか？

「カウンターとアクセス解析の設置」ということですから、HTMLテンプレートのほうをいじったのですね。
その場合は、HTMLテンプレートをまるまるバックアップします。

○　新しいデザインが今までと同じカラム数であれば、
そのデザインに設定し、「デザイン（CSS）」に合わせて再構築して、ブログを開き直してみてください。
それで、デザインに狂いがなければ、バックアップしてあるHTMLテンプレートをカスタマイズのページで、まるまる取り替えて行くだけで、前と同じ機能になります。
この場合、再構築はしなくとも、構いません。（しても構いませんが。）

●　この方法を取った場合、前のデザインを選んだ後に、livedoorBlogに導入された機能は付きません。
タグの表示などが必要な場合は、次の方法を取ってください。

○　デザインに狂いが出た場合や、新しい機能を使いたい場合、
　　カラム数が違うなどのタイプの違うデザインに変える場合は、
バックアップを参考に、カスタマイズで表示されたHTMLテンプレートの必要部分だけを追加変更して行きます。

どこをどう変えたか分らなくなった場合は、バックアップをとった後、前と同じデザインを選択して（再構築は必要ありません）、カスタマイズのページで元のテンプレートを手に入れて比較してください。
（但し、新しい機能のために若干変わっている可能性はあります。）

テンプレートの部分修正をした場合は、［全てのページ］に合わせて再構築してください。

こんな感じでどうでしょうか？